El principal problema heredado fue la división religiosa de Europa, a raíz de la Reforma Protestante, que su padre Carlos V no pudo remediar.
Paulo III convocó en Trento (Italia) un Concilio General de la Iglesia, en 1545, para responder a las cuestiones doctrinales y disciplinarias planteadas por Lutero. Participaron veinticinco obispos y cinco superiores generales de Órdenes Religiosas. Las con suspensiones esporádicas, se prolongaron hasta fines de 1563. Aunque no consiguió reunificar la cristiandad, el Concilio de Trento creo un movimiento de reacción dentro de la Iglesia Católica, conocido como la Cotrarreforma.
Entre las resoluciones del Concilio de Trento, merece destacar:
El reinado de Felipe II se caracteriza por la orientación hacia la preocupación religiosa impulsada por la Contrarreforma. Una de las prioridades del rey será la defensa y aislamiento nacional contra la influencia protestante, con la creación de una cultura esencialmente nacional y católica. Se prohibe importar libros extranjeros, así como que los estudiantes salgan fuera de España para cursar sus estudios. Aparece el Índice de libros prohibidos (“Índice expurgatorio”) y la Inquisición extiende una red de espionaje por todas las ciudades para denunciar a sospechosos de herejía.
Pero las cuestiones financieras también tuvieron gran importancia en su reinado, dado el peso de los gastos militares sobre la maltrecha Hacienda Real; en consecuencia, Felipe tuvo declarar a la Monarquía en bancarrota en tres ocasiones (1560, 1575 y 1596). Como decía Quevedo: “el oro nace en las Indias, viene a morir a España y es enterrado en Génova”, en los depósitos de los bancos que prestaban el dinero al rey.
Referencias:
http://hispanoteca.eu/Literatura/española/SigloXVI-Renacimiento/épocadeFelipeII.htm